First insights into the fecal bacterial microbiota of the black–tailed prairie dog (Cynomys ludovicianus) in Janos, Mexico

Resum

Primeros datos sobre la microbiota bacteriana fecal del perrito de las praderas de cola negra (Cynomys ludovicianus) en Janos, México
Las bacterias intestinales son un indicador importante de la salud de su hospedero y la incorporación de una evaluación periódica de la composición taxonómica de estos microorganismos en los planes de gestión y conservación puede ser una herramienta valiosa para detectar cambios que puedan poner en peligro la supervivencia de las poblaciones amenazadas. En este estudio describimos la diversidad y abundancia de las bacterias fecales de una especie amenazada, el perrito de la pradera de cola negra (Cynomys ludovicianus), en la Reserva de la Biosfera de Janos, en Chihuahua, México. Se analizaron muestras fecales mediante secuenciación masiva de siguiente generación y se amplificó la región V3–V4 del gen que codifica el ARNr 16S utilizando la tecnología Illumina. Los resultados se analizaron con QIIME a partir de la referencia EzBioCloud. Se identificaron 12 filos, 22 clases, 33 órdenes, 54 familias y 263 géneros. Los filos Firmicutes y Bacteroidetes, que fueron los grupos más abundantes, se asocian con comunidades intestinales saludables y una alta eficiencia en la dieta energética. La mayoría de los géneros bacterianos detectados en este estudio para C. ludovicianus no son patógenos y se encuentran habitualmente en las heces de mamíferos. Algunas de las otras bacterias están asociadas al suelo, el agua y las plantas, posiblemente en relación con el hábitat del perrito de las praderas de cola negra. Este es el primer estudio que reporta las bacterias fecales de C. ludovicianus en México y que proporciona un punto de referencia para determinar la salud de esta especie con vistas a utilizar esta información en estrategias de conservación a largo plazo.